Építésére pályázatot írtak ki, nem fért kétség Ybl győzelméhez, így az építési engedélyt meg sem várva, megkezdték a földmunkákat. A neoreneszánsz monumentális épület 1870 és 1874 között épült, de a viták miatt még 3 évig elhúzódott az építész tiszteletdíjának kifizetése. A  Dunára néző, 170 méteres főhomlokzat, erőteljes tagolású, oszlopos erkélyekkel és a kereskedelem, a közlekedés és a művészetek allegorikus szobraival díszített. Az északi homlokzaton erény allegóriák, a délin pedig magyar ősfoglalkozások alakjai láthatók. A két tér felé eső homlokzatokra a világtájakat jelképező domborművek kerültek. Sajátossága a hosszoldali homlokzatból kiemelkedő középrizalit és a sarkokon egybekapcsolt sarokpavilon. Ybl úgy alakította ki az épületet, hogy a 3 nagyméretű udvarba lovaskocsik is behajthattak az árukkal, a raktárként szolgáló pincerendszer is épült, amelyből négy, zsilippel elzárható alagúton volt kijárás a Dunapartra, a hajókról közvetlenül kerültek be az áruk vámolásra. Az épület déli oldalán vasúttal is be lehetett vinni a vámolnivalót.

Forrás: Kemény Mária, Farbaky Péter (szerk.): Ybl Miklós építész 1814-1891. A Hild-Ybl Alapítvány kiállítása a Budapesti Történeti Múzeumban 1991 december – 1992 március. (A kiállítás anyagát válogatta és a kiállítást tervezte: Gerle János.) Felelős kiadó: Hild-Ybl Alapítvány, 1991.

Az építkezést Wechselmann Ignác vezette, az építkezésen kiváló cégek és iparosok dolgoztak, így a Schlick vasgyár, a Neuschloss cég; a szobrokat Sommer Ágoston, a lépcsőházi vasdíszítményeket Jungfer Gyula, a belső falak festését Scholz Róbert, az üvegezést pedig Róth Márk végezte.

Az 1890-es években épült meg a Sóház, amelyben a Fővámházat kiszolgáló irodák kaptak helyet. Az épület átadása után külső átalakítást nem végeztek, a második világháborúig néhány belső változtatás történt. .Például felvonók, központi fűtés szerelése, étterem és söntés, posta megnyitása. 1941-ben óvóhelyet építettek és befalazták a pincékbe vezető alagutak nyílásait.

A háború alatt – súlyos sérüléseket szenvedett az épület. Erős falazata és hídfő melletti elhelyezkedése miatt mind a német és a magyar, mind pedig a szovjet katonaság fontos katonai támpontnak használta. Az épület köré légvédelmi és harckocsi elhárító lövegeket telepítettek. 1948-tól az épületet az akkor önállóvá vált Magyar Közgazdaságtudományi Egyetem céljára állítják helyre. Az új funkciónak megfelelő átalakításokat kellett végezni, ami az épület belsejét alapjaiban változtatta meg. Beépítették a mellékudvarokat, a díszudvart pedig megosztották és aulát alakítottak ki a helyén. Előadó és szemináriumi termeket, könyvtárat, a Sóház utcai fronton új lépcsőházat építettek. Az átalakítást a Középülettervező Intézet (KÖZTI) munkatársai Müller Mihály, Halászy Jenő és Janáky István tervezték és vezettek.

Az Egyetem az 1950/51. tanévben vehette birtokba új központi épületét. 1953-ban lifteket szereltek be, 1957-ben a földszinten laboratóriumot, 1963-ban pedig számítóközpontot. Utóbbit 1970-ben Makk Károly tervei szerint alakították át.

A legújabb rekonstrukcióra 1989-90 között került sor: jelentős mértékben korszerűsítették az épületet, sokat visszaállítottak az eredeti architektúrából. A díszudvar térhatását eredeti módon állították vissza, kibontották az elfalazott öntöttvas oszlopokat, a homlokzatot megtisztították, a tetőteret beépítették. A rekonstrukció terveit Mányi István és Pál Katalin készítette, a kivitelezést a Középületépítő Vállalat és az Exbud Kielce lengyel cég végezte.