Országgyűlésünk 1827-ben törvényt hozott egy Magyar Tudós Társaság megalapításáról. Az első zárt pályázat eredménytelen volt, 1861-ben újabb zárt pályázatot írtak ki, neves német építészek meghívásával, a tervezéssel a berlini Friedrich Stülert bízták meg. Ybl indult a pályázaton, de menet közben visszavonta a tervét.

Az 1862-ben megindult építkezésben Stüler már nem vett részt, helyébe a két, szintén pályázó építészt, Ybl Miklóst és Szkalniczky Antalt nevezték ki.

Ybl 1861-től 1865-ig az MTA palota-építkezés egyik vezetőjeként mindenféle későbbi kisebb-nagyobb átalakítást is tervezettek. Ezek közül a legnagyobb szabású a 3. emelet fafödémének vasszerkezetűre való átépítése volt, ami akkoriban bravúros technikai újítás volt. Az általa tervezett MTA bérház , az  MTA mai könyvtárépülete (ld. YBL MEGLÉVŐ ÉPÜLETEI > BÉRHÁZAK, PALOTÁK), némileg a palotához készített pályaművének egyszerűsített átdolgozása volt.